Perlojiečiai mokyklą atmena nuo 1908 metų. Užsiėmimai vyko Juozo Lukšio troboje. Mokoma buvo rusų kalba. Pirmuoju mokytoju dirbo V. Kačinauskas. Mokslo metai prasidėdavo lapkričio 1 d. ir baigdavosi balandžio mėnesį.

1909 m. Į Perloją atvyko nauja mokytoja – Merkinės popo duktė O. Christačevskaja. Tuo metu mokykla buvo kilnojama iš vienos trobos į kitą. Mokymas tebevyko rusų kalba, lietuviškai buvo mokoma slaptoje lietuviškoje mokykloje anapus Merkio. Lietuvių kalbos mokymu rūpinosi kunigas Čaplikas.

Nuo 1915 m. Perlojoje dirbo Karolina Misevičiūtė-Čiplienė.
Po pirmojo pasaulinio karo mokykla buvo pas Adomą Navicką. Pamokos vyko lietuvių kalba.

1922 m. buvo pradėta statyti mokykla. Joje pirmasis mokytojas buvo A. Verbickas. Trūkstant lėšų, esant dideliems statybos darbų trūkumams, mokykla buvo statoma ir remontuojama iki  1928 m. Pagal 1922 m. spalio 6 d. priimtą Pradžios mokyklų įstatymą Perlojoje veikė 4 skyrių pradžios mokykla, kurioje mokėsi 7-14 m. vaikai. Mokomasi buvo  naudojant vadovėlius: ,,Sakalėlį’’, J. Murkos ,,Vaikų darbymečiui’’ 1–2 dalį, P. Klimo ,,Skaitymus’’, J. Danijošaičio ,,Lietuvių kalbos gramatiką’’, P. Mašioto ,,Uždavinyno’’ 2 dalį ir A. Busilo ,,Jaunąjį Matininką’’. Perlojos pradžios mokyklos mokytojų personalas pastoviai keitėsi. Čia dirbo Verbelytė, Jakaitis, Buzaitytė, Ryliškis, Rapkauskas. Tik mokytojas Aravičius Perlojoje dirbo 12 metų (1927– 1939).

1920–1940 m. pradžios mokyklos mokinių skaičius nebuvo stabilus ( nuo 90 iki 139 mokinių). Po Antrojo pasaulinio karo pradžios mokykloje mokėsi apie 100 mokinių.

1949–1950 m.m. pradinė mokykla buvo reorganizuota į septynmetę. Pirmasis šios mokyklos direktorius buvo Jurgis Pakala.

1952–1953 m. m. – 1968–1969 m.  m. mokyklai vadovavo direktoriai: Kizelis, S. Vaitekūnas, J. Krivickas, J. Garnevičius, A. Grinkevičius.

1962 m. septynmetė mokykla reorganizuota į aštuonmetę.

1967 m. pastatytas naujas mokyklos pastatas.

1969–1979 m.  mokyklai vadovauja Česlovas Klimčiauskas.

1979–1982 m. aštuonmetės mokyklos direktoriumi dirba GediminasVaitekūnas.

Nuo 1982 m. iki 2010 m. mokyklai vadovauja Virginijus Klimčiauskas.

1986–1987 m. m. aštuonmetė mokykla reorganizuojama į nepilną vidurinę mokyklą.

1987–1988 m. m. mokykla reorganizuota į devynmetę.

1987–1988 m. m. pastatytas mokyklos priestatas su didele sporto sale, erdvia valgykla, dirbtuvėmis, chemijos-fizikos kabinetu.

1992–1993 m. m.  devynmetė mokykla reorganizuota į Perlojos pagrindinę mokyklą.

1999–2000 m. m. išleidžiama pirmoji dešimtokų laida.

Nuo 2010 m. iki 2016 laikinai direktoriaus pareigas eina Nijolė Česnulevičienė.

2012 m. Perlojos mokyklą mokyklą baigė 62-oji laida.

2012 m. rugsėjo 1 d. Perlojos pagrindinė mokykla reorganizuota į Perlojos mokyklą-daugiafunkcį centrą.

2013 m. rugsėjo 1 d. mokykloje-daugiafunciame centre ugdomi ikimokyklinio ir priešmokyklinio amžiaus vaikai, nesuformuotos 

pradinio ir pagrindinio ugdymo programų klasės.

2014 m. rugsėjo 1 d. Perlojos mokykla-daugiafunkcis centras pertvarkytas į Perlojos daugiafunkcį centrą.

Nuo 2016 m. Perlojos daugiafunkciam centrui vadovauja direktorė Roma Klimčiauskienė.